En este criptosistema se transforma cada par de letras del mensaje original en una dupla de números de acuerdo con una tabla de Polibio con la clave que se haya elegido, escribiéndose los dos dígitos en vertical debajo del caracter correspondiente. Después, para obtener el criptograma, se leen los dígitos en horizontal de la primera fila (dígitos correspondientes a las filas de cada caracter) seguidos de los de la segunda fila (dígitos correpondientes a las columnas de cada caracter), y, finalmente, cada par de dígitos así obtenidos se transforma en el caracter que le corresponda conforme a la tabla de polibio empleada.
Si el mensaje a cifrar tuviera un número impar de caracteres se añade al final un caracter de relleno (normalmente, 'X').
Veamos un ejemplo:
Supongamos que queremos cifrar el mensaje o texto en claro: 'CIFRADO BIFIDO' con la clave: 'CLAVE'.
Para ello, lo primero que hay que hacer es crear la tabla de Polibio (5 filas x 5 columnas) introduciendo los caracteres de la clave a partir de la primera fila (quitando posibles caracteres repetidos, es decir, dejando sólo el primer caracter de aquellos que se repitan), y completando la tabla con el resto de letras del alfabeto que no figuren en la clave (la I y la J se consideran la misma letra y sin 'Ñ'), y posteriormente actuar como se indica:
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